Bazyliszek pręgowany jest mniejszy i lżej zbudowany od spokrewnionego bazyliszka płatkogłowego. Dorosłe osobniki mogą dorastać do 75 cm dł, z czego 2/3 przypada na biczowaty ogon. Zazwyczaj w terrariach osiągają nieco mniejsze rozmiary - dorastają przeważnie do ok 50 cm długości. Grzebień na grzbiecie i ogonie widoczny, zwłaszcza u samca ale nie tak okazały jak u pokrewnych gatunków z rodzaju Basiliscus. Samiec na głowie posiada trójkątny, płatkowaty hełm. Ubarwienie zdominowane przez różne odcienie brązu. Samce ciemniejsze z bardzo wyraźnymi dwoma pręgami koloru białawego lub żółtawego biegnącymi od pyska wzdłuż ciała. Na kończynach i ogonie widoczne ciemno brązowe lub czarne pręgi i pierścienie. Podbrzusze i gardło jasne, żółte lub pomarańczowe. Ciało pokryte granulkowatymi łuskami pozbawionymi kilu. Łuski na palcach kończyn tylnych podobnie jak u innych bazyliszków poszerzone w celu powiększenia powierzchni.